于军队的行伍之中，一人逃亡，其他四人就要遭处罚。商鞅推行“连坐法”，防民如同防贼，大搞株连，使大量无辜百姓和基层士兵无端遭受酷刑；鼓励亲属互相监视，互相告密的法律违背人性，伤害人伦亲情，违背了《周礼》早已深入人心的一些人性化礼制规定：“轻罪重刑”的制度使司法行为恐怖化，“刑用于将过”的规定使没有犯罪事实，但有所谓“犯罪动机”的人遭受酷刑；“不赦不宥”的规定使所有“犯罪分子”失去“悔过自新，重新做人的机会，一旦获罪则走上绝路。商鞅一派推行的高压政策，以及压抑商业活动法令，大范围激发了人民群众愈来愈激烈的反抗情绪，新法整体虽好，但部分恶法破坏了社会和谐，从而失去了变法、执法和守法的群众基础。恶法之害不独在秦，２０００多年来，株连和鼓励亲属告密的恶法劣习贻害无穷，后代实行者无不离心离德，无不众叛亲离。
为了确立法家思想“一股独大”的极端统治地位，商鞅一派主张焚烧儒道墨诸家经典，重点打压儒生，摧残文化，破坏了春秋战国时代“百家争鸣”局面，其偏激的做法激起诸子百家的对立情绪，失去了知识阶层对变法的认同和支持。“刑不上大夫”是当时社会公认的刑法原则，割鼻子，脸上刺字是打击严重刑事犯罪的侮辱性刑罚。历代历史学家都赞扬商鞅“执法不避贵势”，严厉处置太子师傅公子虔、公孙贾等。实际上，商鞅用肉刑残酷打击持不同政见同僚和旧贵族的做法很不理性，激化了上层矛盾，人为增加了对立面，这是商鞅“政治上不成熟”的体现。一个政治家成熟的做法，一是给被剥夺特权的贵族找出路，给利益格局调整受损者以必要的生活保障；二是包容持不同意见人士，尊重那些主张自身权利的阶层，不把人逼上绝路。
秦孝公死后，商鞅被诬告谋反，遭车裂而死。韩非说：“商君死而秦法未败”（《韩非子·定法》）。商鞅被处死的名义并不是变法，证明变法是不能作为罪名的。旧贵族不敢公然反对大势所趋的改革，他们的反扑带有极大的个人报复性，商鞅的个人悲剧与他主张并实
