觉寺统后龟山天皇的后代们发现上了当，但是为时已晚。于是从后小松天皇开始，历代的天皇均为持明院统的嫡系后代，而大觉寺统的皇族们再也无缘染指皇位。
虽然自藤原氏以来，天皇皇权便已旁落到摄政关白或是幕府将军手中，但使天皇的政治地位跌落至谷底的，是日本历史上最后一个幕府——江户时代德川幕府。
1615年，幕府公布《禁中并公家诸法度》十七条，详细地限制了天皇和公卿贵族的权力和行动。《法度》明确地规定，天皇“以学问为第一”，无须过问国事。凡宫廷官员的任命、天皇公卿的服饰冠带、天皇的出巡等等均需征得幕府的同意。《法度》中唯一保留天皇权力的条文只有第八条：天皇有权按“本朝先规”决定年号。于是，无论是形式上还是实际上，皇室的权力完全被幕府所剥夺。
1853年，随着培理舰队的到来，日本锁了两百年的国门被坚船利炮敲开。日本历史的年轮转到了被称为“幕末”的时期。随着倒幕派的烽起，孝明天皇的去世，德川幕府统治走到了尽头。1868年1月，末代将军德川庆喜交出政权，孝明天皇之子睦仁继承皇位，改年号为“明治”，同时发布“王政复古”诏书。从此，天皇重新回到了政治舞台的中心。
1868年11月，明治天皇将都城由京都迁往江户，同时将江户改名为东京。迁都东京后，明治政府大张旗鼓地开始了资产阶级改革，这就是日本历史上重要的“明治维新”。明治维新以后的日本，不再是任由列强欺辱的封建小国，而是本身成为了帝国主义列强之一。对沙皇俄国的宣战以及取得日俄战争的最后胜利，使日本的野心急速膨胀，最终走上了军国主义道路。
1926年，大正天皇没，皇太子裕仁登基，改年号“昭和”。昭和时代初期，日本军国主义的侵略扩张大规模展开。1931年（昭和6年）秋，“九一八”事变爆发，日军侵占我国东北。1937年（昭和12年）7月7日，日军挑起“芦沟桥事变”，发动全面侵华战争，抗日战争爆发。同年12月13日，侵华日军占领南京，发动长达6
